Programozó Páternoszter

Laborvezetőknek

A 3. előadás laborkártyáit kérdezzük végig a hallgatóktól (és persze a korábbiakból is osszunk ki, amelyeket fontosnak érezünk). Ha indokolt, akkor bevezethető a több sebességes labor, ahol az előre készülő hallgatók későbbi feladatokkal dolgoznak, vagy kapcsolódó mélyebb feladatot kapnak. A "tömeg", azaz a labor main stream-je pedig szorosabban együtt dolgozik a laborvezetővel.

Hallgatóknak

Sosem árt előre készülni a laborra, nálam szereztek így kisbajnokság trófeát. Ha többen is elkészítik, akkor holtversenyben mindannyian megkapják a "trófeákat".

Tematika

Az alábbi témák legtöbbjét próbáljuk lefedni a második gyakorlaton:

• Beszéljük meg és teszteljük a g.c-t, itt azt kell kiemelni, hogy hármasával olvassuk a betűket a fájlból, de nagyon rossz gyakorlat, ha a ciklusban ciklusolgatni kezdünk... e helyett egyetlen ciklust használunk:
  

  // a betűket 3-asával "olvasom": nem kell cifrázni! egy ciklus
  // elvégzi, amiben megjegyzem, hogy melyik hányadik betű volt
  // aki ciklusban ciklusolgat, az már bénázik :)
  int
  main (void)
  {
    // hányadik betűn állok?
    int hanyadik_betu = -1;
    // azon a helyen mit olvastam?
    int elso = 0, masodik = 0, harmadik = 0, i = 0, jegy = 0;
  
    while ((i = getchar ()) != EOF)
      {
  
        switch (i)
  	{
  
  	case 'T':
  	  jegy = 0;
  	  break;
  	case 'C':
  	  jegy = 1;
  	  break;
  	case 'A':
  	  jegy = 2;
  	  break;
  	case 'G':
  	  jegy = 3;
  	  break;
  	}
  
        hanyadik_betu = (hanyadik_betu + 1) % 3;
  
        if (!hanyadik_betu)
  	elso = jegy;
        else if (!(hanyadik_betu - 1))
  	masodik = jegy;
        else
  	{
  	  harmadik = jegy;
  	  printf ("%s", genetikai_kod (elso * 16 + masodik * 4 + harmadik));
  	}
      }
  }
  

  vedd észre, hogy a kód pici továbbfejlesztése a progpater.blog.hu/2011/02/27/a_human_genom_projekt poszt bevezető progijának, csak ott kettesével olvasunk és két betűből készítettünk egy hexadecimális jegyet.
• Feladat (kisebb sebességű): készíts "aminosav-hisztogramot", azaz a progi továbbfejlesztésével mond meg, melyik aminosav hányszor szerepel? (egy trófea, jöhet kommentben előre is)
• Hogy változik ez a szám, ha az első kódoló betűt törlöd a bemenő fájlból (azaz a 2. betűtől méred fel a 3 betűket) (egy trófea, jöhet kommentben előre is)
• Hogy változik ez a szám, ha az első két kódoló betűt törlöd a bemenő fájlból (azaz a 3. betűtől méred fel a 3 betűket) (egy trófea, jöhet kommentben előre is)
• Feladat (nagyobb sebességű): módosítsd a z.c-t, hogy ne 0, 1 betűkre menjen, hanem a 4 T, C, A, G betűre és így építs fát (ez már nem bináris fa lesz persze), mennyi a 2. kromóra az LZW fa ághosszainak átlaga és sztenderd hibája? (ez 5 trófeát ér, jöhet kommentben is)
• További két kisbajnokság, aki gyorsabbat ír:
  [norbi@sgu tcag]$ time ./g <hs_alt_Hs_Celera_chr2.fa >aminosavak

real    0m17.428s
user    0m16.593s
sys     0m0.714s
   

BN laborján

 Tekerj tovább, itt jön a g.c teljes kódja is:

Három kisbajnokság annak, aki először megírja külső változó(k) nélkül az előző poszt alábbi függvényét: 

void
kiir (BINFA_PTR elem)
{
  if (elem != NULL)
    {
      ++melyseg;
      if (melyseg > max_melyseg)
	max_melyseg = melyseg;
      kiir (elem->jobb_egy);
      // ez a postorder bejáráshoz képest
      // 1-el nagyobb mélység, ezért -1
      for (int i = 0; i < melyseg; ++i)
	printf ("---");
      printf ("%c(%d)\n", elem->ertek < 2 ? '0' + elem->ertek : elem->ertek,
	      melyseg-1);
      kiir (elem->bal_nulla);
      --melyseg;
    }
} 

(Itt ugye külső a melyseg és a max_melyseg.) Az új fgv. ez legyen: int kiir_r(BINFA_PTR elem, int melyseg) többet nem segítek :) A két függvénynek (kiir, kiir_r) természetesen ugyanazt kell adnia ugyanazon mintákra: maximális mélységre és ugyanazt a fát kell kiprintelniük!

*: http://www.imsdb.com/scripts/Matrix,-The.html